Velký zlom v celé krajině nastal po založení kláštera ve Vilémově roku 1120 (Podle Pulkavovy kroniky došlo k založení v roce 1121). Klášter byl založen z popudu Heřmana a Viléma, hrabat ze Sulzbachu. Jejich existence dokládá Kosmas k roku 1124. Je možné, že mohlo jít o členy z družiny kněžny Richenzy z Bergu, manželky českého knížete Vladislava I. Před založením kláštera byla v oblasti hrazená ves Vilémov, která byla založena jen o 2 roky dříve, tedy 1119.

Lidé z kláštera káceli okolní lesy a učili další osadníky obdělávat pole. Zakládali se nové osady, osadníci dostali část půdy pro svůj užitek, z čehož plynul klášteru zisk. Obyvatelé byly platem a službou vázáni klášteru, a za to byli osvobozeni od některých zemských robot. O “znovuzaložení” Moravan nám opět podává zprávy kronika Kněžic:

 “V okolí povstaly též další osady: Mladotice, Moravany, Suchotlesky, Biskupice, (kteréž náležely ke Žlebům a byly svého času majetkem biskupa pražského). Není známo nikterak, kdy počaly tyto osady na bývalých sídlištích, ale objevují se ve 12. a 13. století již určitě. Také všecky ostatní vesnice tu stály. Některé ukazují ještě starší původ. (Běstvina, Chuchel.)”

Vilémovský klášter byl poničen po bitvě na Moravském poli, která byla svedena 26. srpna 1278. Český král Přemysl Otakar II. byl v bitvě poražen. Vojska římského krále Rudolfa I. Habsburského poté vyplenila mnoho českých vesnic, kostelů a klášterů.

Poručník kralevice Václava II. Ota V. Braniborský se choval jako v dobyté zemi a kořistnicky se chovala i část české šlechty. Poměry zčásti uklidnilo až svolání šlechtického sněmu v r. 1281, jehož účastníci se zavázali ke stíhání lupičů a škůdců země a k navrácení rozkradených královských zboží a hradů do rukou poručníka (jakožto zástupce řádné královy vlády). Ale neúroda a mrazivé počasí následujícího roku situaci ještě více zkomplikovaly. Období 1278–1283 bylo proto již dobovými kronikáři nazváno „zlá léta“. Tyto události měly tvrdý dopad i na Vilémovský klášter a okolní vesnice, které byly opakovaně rabovány.

Víme jistě, že v Moravanech roku 1318 vládl a hospodařil Trojan z Moravan, dále 1339 – 1348 (někdy se uvádí 1339-1361) Michal z Moravan. Následně již ves patřila k Vílémovu. Zmiňovaní Trojan a Michal z Moravan však nebyli držiteli vsi jako takové. Dle pozdější zpráv vesnice patřila pod opatství Vilémovské.

Jakým způsobem se dostala do vlastnictví Vilémova, nevíme. K Vilémovu patřily Moravany až do konce husitských válek. Husité však benediktiny z Vilémova vyhnali na Moravu. Benediktíni našli útočistě mimo jiné v klášteře v Rajhradu. Poté klášter ve Vilémově připadl Janu Hertvíkovi z Rušinova.

Po skončení husitských válek dostal ves jako zástavu Chotuň z Nestajova (do roku 1430) pak Zdeněk z Nestajova, jeho přítomnost je zde doložena od roku 1430 do 1448. Zmiňovaného roku 1430 dostal Zdeněk Moravany za svůj díl od svého bratra Chotuně. Přítomnost Zdeňka z Nestajova je dále doložena roku 1440 na Čáslavském sjezdu. Dále je zmiňován “seděním” na Moravanech  také roku 1442. Roku 1448 koupil Chuchel a Moravany nepochybně prodal. Po roce 1448 získal ves rod Trčků z Lípy, kteří v té době měli v držení mnohá území v okolí. Zdeněk Trčka získal Moravany a připojil je k Pařížovu. Roku 1557 Moravany od Viléma Trčky z Lípy koupil spolu i s Pařížovem Josef Gerštorf z Gerštorfu (někdy psáno Gersdorf). Během prodeje je však uváděna jedna velmi zajímavá informace a to že prodávané Moravany mají kostelík.

Josef Gerštorf z Gerštorfu ves 28. listopadu roku 1577 získal dědičně od Rudolfa II. Při výpise “dědictví od kláštera Vilémovského” se udává: ves Pařížov, ves celou Moravany s dvorem poplužným a kostelem pustým, stráň Kozojedy za 1998 kop 42 grošů 3 ½ pen. českých.

Tady je tedy nutno si povšimnout, že je kostelík popisován už jako zpustlý. Je to také poslední zmínka o kostele v Moravanech. Mnohem později se připomíná pouze kaple Jana Nepomuckého. Tu jsme si potvrdili i osobně v rozhovoru s místními obyvateli, kteří ji mají stále v paměti. Byla užívána ještě v meziválečném období. Kaple se nacházela v jednom křídle hospodářského dvora. Fyzické pozůstatky této kaple jsme však nenašli, zřejmě vinou mohutných přestaveb dvora ve 2. polovině 20. století.